vous avez évidemment raison, on ne peut pas jouer impunément sur les dates de facturation pour s'assurer de rester dans le plafond par exemple, ou pour déclaer des revenus d'une année à l'autre.
en matière comptable classique, lorsqu'une prestation est à cheval sur deux exercices, on proratise.

si par exemple vous avez encaissé courant 2009 le paiement d'un abonnement correspondant à des prestations qui seront réalisées l'année suivantes, il s'agit de Produits constatés d'avance qu'on va répartir sur les deux années. A l'inverse, si vous avez vous même payé un abonnement courant 2009 (pour un magazine par exemple) et que cet abonnement court jusqu'en 2010, on en affecte en principe une partie sur l'exercice 2009 et le reste sur 2010 (charges constatées d'avance).

Dans le cas de l'AE, il subsiste un flou, n'en déplaise à certains. Un coup de fil au centre des impots devrait vous rassurer

non seulement la facturation n'a rien à voir avec la TVA, mais en plus il n'y a pas de TVA dans le régime AE